Tornando al lavoro teatrale scarpettiano e ai movimenti tellurici nella sua compagnia, c'è da registrare che mentre Santarella raccoglieva al Valle di Roma il massimo consenso, tra il novembre e il dicembre del 1889, la compagnia di Pantalena era costretta a sciogliersi. Scarpetta fu ben contento di recuperare i suoi vecchi compagni. Al Teatro Piccinni di Bari Santarella riscosse il consueto successo nonostante l'abbandono di Marietta Gaudiosi, sostituita da Corinna De Crescenzo, figlia di Raffaele anche lui rientrato in compagnia.

I primi anni Novanta segnarono il consolidamento delle posizioni raggiunte dal teatro di Scarpetta sul territorio nazionale con il ripetersi dei successi romani e palermitani nel 1891 e 1892. Ma a questo punto l'equilibrio interno al gruppo mutò profondamente con evidenti riflessi anche sul repertorio: i primi ad andarsene furono i due De Crescenzo, sostituiti da Vincenzo Bianco e sua figlia Giuseppina. Si trattò di sostituzioni significative. Vincenzo Bianco era un attore comico della vecchia scuola, istrionico, che aveva a lungo militato con Davide Petito. La figlia Giuseppina, elogiata da Eduardo nell'autobiografia per l'impegno e la disciplina professionali, era dotata di una bellissima voce. Scarpetta pensò di assecondare il mutamento del gusto del pubblico per i generi musicali sfruttando la voce di Giuseppina e introducendo momenti canori e musicali in molte sue commedie di repertorio, a cominciare proprio da Santarella che conobbe una seconda vita con la nuova protagonista Nannina, impersonata da Giuseppina Bianco, spesso richiamata a concedere il bis delle parti cantate. Autore delle musiche era il Maestro Luigi Luzi, fratello dell'antico impresario del San Carlino, creatore anche dei couplets di un'altra antica commedia: Presentazione di una compagnia comica recitata al Teatro Nuovo di Napoli nel settembre del 1892. Anche la presenza di Vincenzo Bianco sembra influenzare Scarpetta nella programmazione dell'anno 1893, invogliando il capocomico ad un articolato recupero di certi vecchi tracciati della tradizione sancarliniana, come ad esempio in A' Fortuna 'e Felicello (1893) ricalcata sulle farse di Pasquale Altavilla. Dal passato Scarpetta recuperò anche il genere della parodia, sia nella formula più classica, come ad esempio nella Francesca da Rimini (1893) sia in quella d'attualità, come in 'O café-chantant (14 ottobre, 1893), ispirata alla nuova voga dell'intrattenimento comico-musicale affermatasi anche a Napoli.

'O café-chantant tenne la scena per quasi cinquanta repliche, anche perché Scarpetta aggiungeva di tanto in tanto un nuovo "numero", come ad esempio Gli esperimenti di Paul Carretto e i suoi fantocci parlanti (7 novembre) e più tardi (23 novembre) I fratelli Antos, celebri atleti (Scarpetta e Pantalena). La serata si concludeva, ormai di norma, con una canzone cantata da Giuseppina Bianco: tale clausola canora divenne in seguito una formula abituale anche in altri teatri napoletani. Anche il numero di Paul Carretto fu riproposto occasionalmente come scenetta a sé stante a conclusione della serata teatrale (14 febbraio 1894). L'impulso concorrenziale dei nuovi generi spettacolari del Varietà e del Café-chantant (ne fu la culla il napoletano Salone Margherita, apertosi nel 1890) spinse Scarpetta a rimettere in cartellone anche le sue vecchie fiabe musicali della fine degli anni Settanta come La treccia dell'imperatore. Il Pantalena, trattenuto fino a quel momento da un cachet considerevole era, però, interessato ad un repertorio più drammatico e non nascose l'intenzione di tornare a far compagnia per conto proprio. Scarpetta decise di liberarsi di lui, sciogliendolo anticipatamente dal contratto e versandogli la penale. L'addio, però, non fu privo di strascichi polemici con la pubblicazione sulle pagine del «Pungolo» delle rispettive versioni dei fatti (8-10 agosto, 1894).

Scarpetta cercò di sostituire Pantalena con Cesare De Chiara che, infatti, debuttò al Bellini con Miseria e nobiltà, ma a causa della morte improvvisa dell'attore, il capocomico fu costretto a riprendere il percorso delle riduzioni e della comicità farsesca e musicale. Il 7 ottobre del 1894 propose una sua nuova riduzione, La contessa Treccape, una commedia «con couplets dei maestri G. Giannetti, R. Rossi e V. Scarpetta cantati dalla Bianco e dalle altre chanteuses della Compagnia» («Il Pungolo», 5-6 ottobre 1894). Il figlio Vincenzo ebbe una notevole produzione musicale, tutt'ora da riscoprire, e sviluppò precocemente la passione per il cinema verso il quale, più tardi, s'indirizzò anche l'interesse di Eduardo. A novembre Scarpetta scritturò due caratteriste: Rosa Gagliardi e Adelaide Agolini – anche lei allontanatasi e rientrata – per mettere in scena la novità Tre cazune furtunate che rimase in scena per tutto il mese di dicembre.

Il 1895 è segnato dal notevole successo della rivista scritta con Roberto Villani (Edoardo Scarpetta, Cinquant'anni, cit., p. 219) Fine di secolo, rimasta in scena al Bellini per due mesi, quindi portata al Valle di Roma e ripresentata al Bellini di Napoli per tutto l'ottobre 1895. Ad essa seguì la novità 'Na buona guagliona, una commedia originale. Non venne però compresa dal pubblico del tempo, avvezzo alla spensieratezza del teatro scarpettiano. Così la commedia venne sostituita, dopo dieci repliche, con una ripresa di sicuro successo ('Na capa sciacqua con cui aveva chiuso il San Carlino nel 1884).