Non era figlio d'arte, ma fu capostipite di due delle più importanti famiglie teatrali del Novecento napoletano. Il padre, Domenico, era funzionario amministrativo del ministero borbonico e sposò Emilia Rendina. Si spense nel 1868 lasciando la famiglia in gravi difficoltà economiche. La madre Emilia fu il sostegno principale di Eduardo agli inizi della sua carriera teatrale. Dal suo matrimonio con Domenico erano nati quattro figli: Enrico, Giulia, Eduardo e Gilda. Dei primi due figli non si è conservata notizia. Di Gilda sappiamo che recitò nelle compagnie del fratello. Emilia Rendina si spense nel 1908, poco tempo prima della favorevole conclusione del processo di Eduardo.

Ormai già in carriera presso la formazione del San Carlino, Eduardo sposò, nel 1876, Rosa De Filippo, figlia di un modesto commerciante, dalla quale ebbe quattro figli: Domenico, Vincenzo, Eduardo (morto piccolissimo) e Maria. Poche e incerte sono le notizie intorno a Domenico, frutto di una relazione del Re Vittorio Emanuele II con Rosa De Filippo; gli furono perciò negate le scene, ma collaborò alla conduzione della compagnia del fratello.

Vincenzo, nato il 19 giugno del 1878, fu l'erede teatrale del padre, si spense nel 1952. Ebbe tre figli: Eduardo, Vincenzo detto Sisso, entrambi dediti alla carriera militare in aeronautica e Dora sposatasi con Vittorio Viviani, figlio di Raffaele Viviani. Dal primogenito di Eduardo nacque Mario Scarpetta, anch'egli attore teatrale spentosi prematuramente nel 2004.

Maria nacque nel 1891 da una relazione extramatrimoniale di Eduardo con Francesca Giannetti, ma venne accolta come figlia legittima e cresciuta nella famiglia Scarpetta. Calcò per breve tempo le scene, ma si dedicò più a lungo all'attività di scrittrice e commediografa collaborando con Mario Mangini (autore di riviste e commedie sotto lo pseudonimo di Kokasse) con il quale si sposò. Morì nel 1949. Domenico, Vincenzo e Maria furono i figli riconosciuti da Eduardo e portarono, quindi, il cognome del padre.

Eduardo Scarpetta ebbe altre relazioni extraconiugali dalle quali nacquero vari figli. Da Luisa De Filippo, figlia di Luca De Filippo, fratello di Rosa, nacquero tre figli: nel 1898 vide la luce Annunziata De Filippo, detta Titina, attrice teatrale (prima, celebre interprete di Filumena Marturano) e cinematografica, autrice di collage, sposatasi con Pietro Carloni. Nel 1900 nacque Eduardo De Filippo, tra i più importanti attori, autori, direttori di compagnie nell'Italia del XX secolo, deceduto nel 1984. Eduardo ebbe due figli: il maggiore Luca è stato un altro importante attore teatrale nella seconda metà del Novecento, spentosi nel 2015. Luisa morì pressoché adolescente, nel 1960. Peppino De Filippo nacque nel 1903, anch'egli celebre attore comico teatrale, cinematografico e televisivo spentosi nel 1980. Luigi, figlio di Peppino e di Adele Carloni, ha continuato la carriera del padre.